Mengenai faktor yang melatarbelakangi munculnya pemikiran dan gerakan Islam radikal gerakan fundamentalisme atau radikal dalam Islam di millenium baru ini berbeda dengan gerakan radikal yang tercatat dalam sejarah gerakan radikalisme saat ini muncul sebagai reaksi terhadap kebudayaan sekular ilmiah yang muncul pertama kali di Barat dan kemudian merambah ke berbagai dunia. Barat mengembangkan tipe budaya yang sangat berbeda dengan peradaban sebelumnya sehingga reaksi keagamaan terhadapnyapun sangat unik.
Radikalisme Islam tidak lahir begitu saja. Ada konteks yang melatarbelakangi dan tidak melulu disebabkan oleh satu faktor. Ada banyak faktor yang ikut mempengaruhi kemunculan organisasi Islam yang berhaluan radikal di sejumlah daerah. Dimensi politik, sosial, dan ekonomi telah menjadi konteks yang signifikan dalam membaca gerakan radikalisme Islam di sejumlah daerah. Perubahan politik yang berimplikasi pada kebebasan berekspresi, krisis ekonomi yang berkepanjangan, dan perubahan tata nilai masyarakat menjadi salah satu penyebab lahirnya radikalisme, yang ditopang oleh cara pandang keagamaan yang skripturalistik.
Gejala kekerasan “agama” lebih tepat dilihat sebagai gejala sosial politik daripada gejala keagamaan. Gerakan yang secara salah kaparah oleh Barat disebut sebagai radikalisme Islam itu lebih tepat dilihat akar permasalahannya dari sudut konteks sosial-politik dalam kerangka historisitas manusia yang ada di masyarakat.
Masa keruntuhan Orde Baru telah mengubah perkembangan gerakan-gerakan Islam. Proses perubahan ini dimulai dengan pemberian momentum yang tepat bagi gerakan islam untuk bangkit dari ketepurukannya. Kebebasan berpendapat menjadi salah satu strategi islam radikal dengan menggaet elite-elite politik untuk menggerakkan keinginan dari gerakan islam radikal itu senditi.28 Latar belakang politik lokal juga ikut memberi warna kemunculan organisasi Islam berhaluan radikal, terutama ketidakpuasan politik, keterpinggiran politik dan semacamnya. Ketidakseriusan pemerintah lokal untuk menjadikan daerahnya sebagai daerah yang menerapkan syariat Islam melahirkan kecenderungan gerakan protes secara radikal.
Sementara dalam segi sosial budaya, dekadensi moral yang terjadi di masyarakat terjadi akibat sekularitasi yang terus menggerus nilai-nilai agama di masyarakat yang mengakibatkan frustasi sosial khususnya pada masyarakat muslim. Hal ini terjadi karena adanya ketidakmampuaan proteksi masyarakat pada sendi moral yang telah lama dijaga sebagai sistem nilai masyarakat. Dalam pandangan masyarakat muslim, pergaulan bebas dalam gaya hidup modern telah menjadi penyebab rusaknya moralitas masyarakat. Maka muncullah keterpanggilan untuk mengubah sistem sosial masyarakat ke arah kehidupan yang islami. Kondisi ini juga didorong oleh tidak berdayanya aparat penegak hukum dalam berbagai peristiwa. Kondisi ‘dekadensi moral’ dan ketidakberdayaan institusi-institusi hukum menjadi pemicu radikalisme agama (Islam). Mengenai faktor agama, memang harus diakui bahwa salah satu penyebab gerakan radikalisme adalah faktor sentimen keagamaan, termasuk di dalamnya adalah solidaritas keagamaan untuk kawan yang tertindas oleh kekuatan tertentu.
Abuddin Nata, sebagaimana dikutip Fakhrurrazi, menyebutkan empat faktor yang melatarbelakangi lahirnya kaum fundemantis atau radikalis, pertama, karena faktor modernisasi yang dapat dirasakan dapat menggeser nilai-nilai agama dan pelaksanaanya dalam agama. Kedua, karena pandangan dan sikap politik yang tidak sejalan dengan sikap dan politik yang dianut penguasa. Ketiga, kerena ketidakpuasan mereka terhadap kondisi sosial, ekonomi, politik dan sebagainya yang berlangsung di Indonesia. Keempat, karena sifat dan karakter dari ajaran Islam yang dianutnya cenderung bersifat rigid (kaku) dan literlis.
Sementara itu, Atu Karomah mengidentifikasi bahwa faktor munculnya pemikiran dan gerakan Islam radikal antara lain adalah karena faktor politik, ekonomi, sosial budaya dan faktor pemahaman keagamaan.33 Hampir senada dengan yang dikemukakan karomah tersebut, Ahmad Asroni mengemukakan bahwa secara garis besar ada dua faktor yang melatarbelakangi lahirnya gerakan radikalisme, yaitu faktor internal dan faktor eksternal. Secara lebih rinci adalah sebagai berikut:
1. Skriptualisme-ideologis
Salah satu kecenderungan kaum radikalis adalah skripturalis atau literalis dalam menafsirkan taks-teks agama. Mereka menolak studi kritis terhadap teks-teks agama semisal hermeneutika, sebuah kajian yang berangkat dari tradisi filsafat bahasa yang mengasuransikan bahwa teks al-Quran harus dipahami, ditafsirkan, diterjemahkan dan didialogkan dalam rangka rnenafsirkan realitas sosial. Karena penolakan terhadap hermeneutika ini, maka apa yang terbaca dalam taks harus ditafsrikan secara harfiah. Dengan penafsiran yang bersifat harfiah ini tidak jarang mereka menjadikan teks suci sebagai justifikasi atau legitimasi dalam melakukan tindakan kekerasan. Di satu sisi teks suci bisa menjadi sumber kebijaksanaan dan petunjuk yang kaya dalam kehidupan, namun di sisi lain teks suci adalah unsur agama yang paling mudah untuk disalahgunakan. Teks suci menjadi perangkat yang dapat díakses dan otoritatif untuk mernpromosikan agenda atau gagasan tertentu.
2. Respon terhadap modernisasi, skularisasi dan politik global
Secam umurn, kaum Muslim -termasuk muslim di Indonesia mempunyai respons yang beragam terhadap kondisi modern. Pertama, sebagian kaum muslim menunjukkan sikap yang radikal terhadap kondisi pengaruh budaya Barat. Kedua, sebagian kaum muslim menerima secara total Barat. Ketiga, sebagian kaum muslim beradaptasi secara selektif terhadap kondisi kemodernan sembari mempertahankan dasar Islam.
3. Kapitalisme global dan problem kemiskinan
Kapitalisme yang notabene dimainkan oleh negara-negara Barat tidak hanya menyingkirkan mereka yang lemah secara ekonomi, tetapi lebih dari itu, kapitalisme mampu berkuasa secara politik pada level kebijakan negara. Oleh karena itu, menjadi wajar jika umat Islam yang memang secara ekonomi dan politik terpinggirkan melakukan semacam protes atas nasibnya tersebut. Ketidakberdayaan umat Islam terhadap hegemoni ekonomi kapitalisme Barat menyebabkan sebagian umat Islam melakukan resistensi. Salah satu bentuk resistensi tersebut dilakukan dengan menerbitkan tulisan dan melakukan diskusi atau kajian militan di kalangan mahasiswa, menciptakan simbol resistensi (termasuk dalam berpakaian), bahkan menciptakan proyek percontohan sistem kemasyarakatan dan sistem ekonomi tertutup yang merupakan gagasan alternatif terhadap kapitalisme.
Pandangan diatas sama dengan apa yang difikirkan oleh John L Esposito yang menjelaskan tentang tipe dalam Islam atas terjadinya kolonialisme yang dapat dilihat sampai sekarang. Adanya rencana dan upaya perlawanan serta peperangan, melakukan penarikan serta non kooperasi, sekularisasi dan werstenisasi, dan modernisasi Islam. Untuk kelompok pertama dan kedua ini menjadi salah satu faktor penyebab adanya cap pada Islam sebagai “agama teroris”. Mereka adalah kelompok yang berupaya mengikuti cara hidup keteladanan nabi Muhammad, menurut Esposito, mereka berupaya berhijarah ke tempat yang tidak dilalui nabi Muhammad yang berarti tidak terjamah agama Islam dan kemudian mereka melakukan jihad guna membela agama serta negeri-negeri Islam.38 Tipe kebangkitan Islam, baik yang dilakukan oleh kelompok pertama maupun kedua inilah, menurut Hilaly Basya, bentuk sikap reaktif yang dimaknai sebagai resistensi identitas, di mana Barat yang diasumsikan sebagai pemilik modernitas terlalu mendominasi dan memonopoli kebenaran. Lebih lanjut dikatakan, karena resistensi tersebut dilakukan dengan menyertakan sentimen identitas, maka subjektifitasnya lebih memainkan peran ketimbang sebagai sebuah representasi objektif.
4. Islamisme, Radikalisme dan Terorisme
Umumnya aksi teror hadir dengan pemetaan dua lokasi. Pertama, aksi teror yang muncul di daerah ataupun daerah yang sudah pernah terjadi konflik. Aksi ini muncul di daerah semacam motif balas dendam. Ketidakadilan hukum dan trauma psikologis. Kedua, terorisme yang terjadi di daerah normal (zero conflict). Pada umumnya teror di daerah aman dipicu oleh faktor ideologis, solidaritas kelompok, pencarian identitas dan situasi lingkungan internasional.