Pemikiran dan kajian keberagamaan di Pondok Pesantren adalah Islam yang moderat. Paham dan model keislaman ini dapat diharapkan untuk mengikis paham dan gerakan Islam radikal adalah model Islam rahmatan lil ‘alamin, model Islam yang ramah, toleran dan menghargai kebhinekaan.198 Islam yang ditampilkan sebagai agama perdamaian. Model inilah yang diidentifikasi diterapkan di Indonesia.
Ideologi dan pandangan ke-Islaman di Indonesia dapat diidentifikasi melalui organisasi keagamaan. Sebagaimana dielaborasi oleh Azra, Islam di Asia Tenggara khususnya di Indonesia mendapat perhatian dunia karena memiliki populasi muslim yang sangat besar dan memiliki corak pandangan keagamaan yang variatif. Di satu sisi, Indonesia dikenal sebagai negara muslim yang selalu mengedepankan Islam yang moderat dan toleran (Islam with Smiling Face).
Pandangan Islam ini diperjuangkan dan menjadi karakter pergerakan dua organisasi Islam terbesar di Indonesia, yakni Nahdlatul Ulama (NU) dan Muhammadiyah. NU memperjuangkan Islam toleran dengan cara mengakomodasi budaya dan kearifan lokal ke-indonesiaan ke dalam ajaran Islam (Islam Nusantara).201 Sementara itu, Muhammadiyah memperjuangkan Islam dalam payung “Islam yang Berkemajuan”.
Istilah moderat menemukan akarnya lewat preseden al-Qur‘an yang selalu memerintahkan umat Islam untuk menjadi orang yang moderat, dan preseden al-Sunnah yang menggambarkan sosok nabi yang menunjukkan tipikal orang moderat, tatkala dihadapkan pada dua pilihan ekstrim, maka Nabi selalu memilih jalan tengah. Istilah moderat memiliki arti “sikap pertengahan”, dengan sikap menghindari atau mengurangi ekstrimitas (misalnya: dalam beragama) Islam sendiri, bila mengacu pada keberadaannya sebagai agama yang dihadirkan sebagai agama keselamatan, agama yang mengusung sikap pertengahan antara sikap berlebihan (ghuluw) dan sikap ceroboh (tasahul) dan acuh tak acuh terhadap agama serta dalam beragama.
Implementasi nilai-nilai keislaman yang rahmatan lil alamin adalah bagaimana Islam hadir menciptakan harmoni dalam sikap membangun toleransi positif bagi semua kelompok agama dan aliran kepercayaan, sebagaimana semangat dalam Q.S. al-Kafirun ayat 1-6, dimana kita sebagai umat islam tahu bahwa di sekeliling kita ada keyakinan dan kepercayaan atau iman lain yang kita dituntut untuk memahami dan menghormati dengan pemahaman dan penghormatan yang wajar sebagaimana mereka lakukan pada kita.
Muchlis M. Hanafi memaknai moderat (al-wasath) sebagai metode berpikir, berinteraksi dan berperilaku secara tawazun (seimbang) dalam menyikapi dua keadaan, sehingga ditemukan sikap yang sesuai dengan prinsip-prinsip Islam dan tradisi masyarakat, yaitu seimbang dalam akidah, ibadah dan akhlak.205 Sementara itu, Najib Burhani memaknai Islam moderat untuk Indonesia lebih pada makna bahasanya, yaitu sebagai “mid-position between liberalism and Islamism”. Orang atau organisasi yang berada di tengah-tengah antara liberalisme dan Islamisme adalah moderat.
Islam moderat merupakan hasil perpaduan antara Islam dengan budaya lokal yang yang dipelopori oleh Walisongo. Transmisi Islam yang dipelopori Walisonggo merupakan perjuangan brilian yang diimplementasikan dengan cara sederhana, yaitu menunjukkan jalan dan alternatif baru yang tidak mengusik tradisi dan kebiasaan lokal, serta mudah ditangkap oleh orang awam dikarenakan pendekatan pendekatannya konkrit dan realistis, tidak njelimet, dan menyatu dengan kehidupan masyarakat. Model ini menunjukkan keunikan sufi Jawa yang mampu menyerap elemen-elemen budaya lokal dan asing, tetapi dalam waktu yang sama masih berdiri tegar di atas prinsip-prinsip Islam.
Masdar Hilmy memberikan karakteristik Islam moderat Indonesia dengan ciri-ciri, 1) Ideologi tanpa kekerasan dalam menyebarkan Islam; 2) mengadopsi cara hidup modern dengan semua turunannya, termasuk sains dan teknologi, demokrasi, Hak asasi manusia dan sejenisnya; 3) penggunaan cara berfikir rasional; 4) pendekatan kontekstual dalam memahami Islam, dan; 5) penggunaan Ijtihad (latihan intelektual untuk membuat opini hukum jika tidak adanya justifikasi eksplisit dari Al Qur’an dan Hadis). Karakteristik tersebut, bagaimanapun, dapat diperluas menjadi beberapa Lebih banyak karakteristik seperti toleransi, harmoni dan kerjasama di antara kelompok agama yang berbeda.
Ada tiga pokok pemikiran yang melandasi paham Islam moderat, yaitu ukhuwah islamiyyah (persaudaraan sesama muslim), ukhuwah wathaniyyah (persaudaraan sesama anak bangsa), dan ukhuwah basyarriyyah (persaudaraan sesama manusia). Implikasi dari pemikiran ini adalah:
Pertama, senantiasa menciptakan dialog interaktif dinamis antara teks (nash) dan konteks sehingga diharapkan akan tercapai hasil pemikiran yang konstruktif-produktif dalam membangun situasi dan kondisi sosial yang Islami.
Kedua; mengembangkan sikap perilaku keberagamaan (baca: keislaman) yang mendorong kearah terwujudnya maslahatul ‘ammah (kemaslahatan publik) yang lebih berpihak pada isu isu krusial yang berkembang di tengah masyarakat semisal kemiskinan, terorisme, terjaminnya menjalankan agama dan kepercayaan tanpa unsur penodaan, perdagangan anak dan perempuan (traficking), pendidikan murah, buruh, tenaga kerja migran, pelayanan kesehatan, peningkatan taraf hidup, stabilitas harga, dan sebagainya, harus mendapat porsi pemikiran kaum muslimin, sehingga masalah-masalah kebangsaan, keummatan, dan kemanusiaan menjadi agenda utama pemikiran Islam.
Ketiga; mengembangkan sikap toleransi positif saling menghargai berdasarkan kesadaran tatanan realitas kemajemukan, sebagaimana semangat utama kemanusiaan dan keagamaan dalam bergaul serta dalam suasana kebersamaan.
Keempat; menguatkan rangka konstruksi penghargaan dan penghormatan pada perempuan yang berkeadilan, menjauhi penindasan dan kekerasan baik fisik maupun mental. Kelima; menjunjung Hak Asasi Manusia dalam kebersamaan, mengutamakan dialog dan mendahulukan hikmah dan mauidlotul hasanah dalam menyelesaikan problematika kemanusiaan serta menjauhi segala bentuk kekerasan atas nama aliran dan agama.
Pendidikan di pondok pesantren yang mengutamakan dan mengoptimalkan pendidikan karakter tidak hanya berpijak pada Al-Quran, al-Sunnah dan praktik kehidupan salafus shalih. Pendidikan pesantren juga mengacu pada pemikiran ulama-ulama terdahulu yang moderat dan menghargai heterogenitas. Pemikiran-pemikiran tersebut tertuang dalam kitab kuning yang menjadi ciri khas leteratur pendidikan pesantren.
Kajian dalam Kitab kuning memotret dan menyampaikan paradigma keislaman para ulama dalam berbagai bidang ilmu. Ensiklopedi ilmu dalam kitab kuning tidak bersifat kaku yang hanya memandang kebenaran secara subyektif tanpa menghargai keberagaman. Keluasan ilmu para ulama dan ketinggian wawasan mereka telah memproyeksikan “penerimaan” terhadap heterogenitas dalam pemikiran keagamaan dan praktiknya.
Inilah yang dipelajari dan diamalkan dalam kehidupan pesantren, sehingga para sivitas pesantren bisa mengaktualisasikannya dalam kehidupan masyarakat yang lebih luas. Mau menerima perbedaan budaya. Bisa menghargai dan hidup berdampingan dalam pluralitas keyakinan dalam kehidupan berbangsa dan bernegara.
Moderasi beragama dan bernegara dalam pesantren tidak hanya mengendap dalam pikiran belaka, akan tetapi telah mampu dipraktikkan dan dipertahankan sampai saat ini. Maka tidak heran bila pesantren bisa dikatakan salah satu untaian ikatan yang menjaga kerekatan kehidupan masyarakat yang plural di Negara Kesatuan Republik Indonesia.